Правна основа за воспоставување и работа на ЗКС:

РЕГУЛАТИВА НА КОМИСИЈАТА (ЕК) Број 718/2007 од 12 Јуни 2007 воспоставувајќи го Инструментот за пред пристапна помош (ИПА)
Член 87 - Партнерство
Член 102 - Назначување на органи;
Член 110 - Заеднички Комитет за следење;

Заедичкиот комитет за следење беше поставен три месеци по одобрување на програмата и се состои од преставници именувани од двете земји учеснички во програмата врз основа на партнерски принцип. ЗКС се состанува минимум два пати годишно на иницијатива на земјите учеснички или на Комисијата и е ко-претседаван од Управувачкиот Орган и Националниот Орган (на поранешна југословенска Република Македонија). Преставник (ци) на Европската Комисија или други релевантни тела учествуваат во работата на ЗКС во својство на советници.

ЗКС е одговорен за следните задачи:

• Ги разгледува и одобрува критериумите за селекција на операциите финансирани од прекуграничната програма и ја одобрува секоја промена на овие критериуми во согласност со потребите на програмата; периодично го разгледува прогресот кој што е направен во достигнување на специфичните цели на преку - граничната програма врз база на документите поднесени од Управувачкиот Орган;
• Ги прегледува резултатите од извршувањето, поединечното исполнување на целите за секоја приоритетна оска и за евалуацијата соодветно на Член 57 (4) и Член 109;
• Ги разгледува и одобрува годишните и финалните извештаи од извршувањето соодветно на Член 112 ;
• Се информира за секој годишен контролен извештај, соодветно на Член 105(1)(ц) и за секоја соодветна забелешка Комисијата може да направи дополнителен преглед на тој извештај;
• Ќе биде одговорна за селекција на операциите;
• Го разгледува и одобрува секој предлог за подобрување на условите на преку - граничната програма или да го подобри нејзиното управување;
• Се грижи за набљудување на програмата преку преглед на финансиските показатели како и преку показаталите на крајните резултати;
• Ги одобрува условите за препорака и процедурите за избор на контролери и оценувачи и ја одобрува листата на избрани контролери / оценувачи;
• Ги одобрува сите адендуми на договорите на водечките корисници кои што се поврзани со промена на буџетот или времетраењето на проектот;
• Ги одобрува сите внатрешни документи од интерес на извршувањето на програмата помеѓу двете земји;

Сите операции ќе бидат избрани преку единствен повик за предлози покривајќи го целиот дозволен регион. Заеднички операции надвор од повикот за предлози можат исто така да бидат препознаени во секое време по усвојувањето на програмата со одлука донесена од Заедничкиот Комитет за Следење;

Деталите околу составот, претседавачот и донесувањето на одлуките на Заедничкиот Комитет за следење ќе бидат утврдени со правилата за процедури на ЗКС, вградени во спогодбата со Управувачкиот Орган и усвоени од ЗКС. Одлуките ќе бидат донесувани со консензус.