Министерството за локална самоуправа на поранешна југословенска Република Македонија (понатаму Национален орган на поранешна југословенска Република Македонија) соработува во заедничкото програмирање, менаџирање и имплементација на програмата.

Посебно, Националниот орган ќе биде одговорен за следните задачи:

• Учествува во заедничкото програмирање и создавање на задачи согласно целите на програмата и модицикациите на програмата;
• Назначува преставници на поранешна југословенска Република Македонија во Заедничкиот комитет за следење;
• Учествува во подготовката на описот на работа и избира експерти во Заедичкиот Технички секретаријат (главна и подрачна канцеларија на ЗТС);
• Организира процедури за избор на финансиски конторлери и оценувачи од поранешна југословенска Република Македонија;
• Предлага членови во групата на ревизори;
• Потпишува билатерални меморандуми за разбирање во името на поранешна југословенска Република Македонија;
• Овозможува пристап до информации на Управувачкиот орган, Органот за потврдување и органот за ревизија заради извршување на нивните задачи.