Министерството на местното самоуправление на Република Македония (по-нататък в текста - Национален партниращ орган от Република Македония) сътрудничи при съвместното програмиране, управление и изпълнение на програмата. По-специално, НО ще изпълнява следните функции:
- Участва в съвместното програмиране и генериране на операции в съответствие с целите на програмата и модификацията на програмата;
- Определя представителите на Република Македония в Съвместния комитет за наблюдение;
- Участва в изготвянето на длъжностните характеристики и избора на експертите на СТС;
- Организира процедура за избор на контрольори и оценители от Република Македония;
- Координира определянето на представител(и) в групата на одиторите;
- Подписва от името на Република Македония двустранния Меморандум за разбирателство;
- Осигурява достъп на Управляващия, Сертифициращия и Одитния органи до информация, във връзка с изпълнение на съответните им задължения.