Тъй като СТС ще бъде отговорен само за административната проверка и проверката за избираемост на проектните предложения, за нуждите на техническата (качествена) оценка на предложенията ще се използват външни оценители. След прилагане на съвместно съгласувана процедура за подбор, СКН ще одобри списък на оценителите. Предвидено е външните оценители да имат задълбочени познания и богат опит по въпросите, обхванати от програмата. В зависимост от типа на обявата за набиране на проектни предложения, УО ще сключи договори с равен брой оценители от двете страни, които да извършат техническата оценка. Оценителите ще подпишат декларация за конфиденциалност и безпристрастност.

Оценителен процес:
Всички проекти ще бъдат оценявани според критерии за оценка, предварително одобрени от Съвместния комитет за наблюдение. Оценките ще бъдат извършени на три етапа:   Първо, Съвместния технически секретариат ще проведе откриващо заседание. Основна информация за всеки предаден проект и бенефициентите по него ще бъде записана в електронна регистрационна система.   Второ, Съвместният технически секретариат ще извърши проверка за административна съвместимост и допустимост.   Трето, ще бъде извършена техническа/качествена оценка от независими оценители, както от България, така и от Бивша Югославска република Македония, назначени от Управляващия орган. Оценителният процес ще бъде организиран и извършен със секретарската подкрепа на Съвместния технически секретариат. Резултатите от всички етапи ще бъдат обобщени под формата на доклад и представени за решение на Съвместния комитет за наблюдение.