Управляващ орган по програмата е Главна дирекция „Управление на териториалното сътрудничество" в Министерството на регионалното развитие и благоустройството.
Получената положителна оценка е гаранция, че процедурите и правилата, установени от Управляващия орган на Програмата за трансгранично сътрудничество България - Македония са достатъчно надеждни за ефективно усвояване и управление на европейските средства.
Одобрението на Системите за управление и контрол от Брюксел дава достъп до свеж финансов ресурс и подпомага по-бързото достигане на европейските средства до бенефициентите.
С получаването на положителна оценка се дава подкрепа на потенциални бенефициенти от областите Кюстендил и Благоевград и районите Североизточен, Източен централен и Югоизточен.
Общата стойност на Програмата за трансгранично сътрудничество България - Македония за периода 2007 - 2011 г. е 14 277 857 евро, от които 12 136 178 евро са европейско финансиране и 2 141 679 евро национално съфинансиране от държавните бюджети на двете страни.
Към момента по програмата се извършва оценка на подадените проектни предложения по първата покана. По България - Македония са подадени 93 проектни предложения на стойност 14,8 млн. евро.