Изпълнението на настоящата Програма за ТГС ще бъде финансирано по линията на новата цел „Европейско териториално сътрудничество", чрез   средства по ИПП и съфинансиране от държавните бюджети на Република България и Република Македония. Получената обща сума ще бъде използвана в съответствие с единен набор от правила и на базата на подход за обща полза, който изисква създаването на съвместни структури за програмиране и управление. Така ИПП ще насърчава сътрудничеството, икономическата интеграция и сближаването между ЕС и страните кандидатки.

Програмата за трансгранично сътрудничество, определяща приоритетите за сътрудничество между Република България и Република Македония [1] за програмен период 2007 - 2013 г. бе одобрена от Европейската комисия на 14.12.2007 г. и бе изготвена в резултат на координираните усилия на съответните национални институции и широк кръг от заинтересовани страни на местно, регионално и национално ниво.

Избираемата зона по Програмата за трансгранично сътрудничество между Република България и Република Македония обхваща територия от 18 736 кв.км. с общо население 1 065 605. Дължината на границата между двете държави е 165 км.

Избираемата гранична зона на Република България включва областите Благоевград и Кюстендил (NUTS III), обхващащи 9 501 кв. км. (8.6% от общата територия на страната) и население 486 291 души (6.3% от общото население на страната). Тя се състои от 23 общини (NUTS IV) и 462 населени места:

• Област Благоевград: 14 общини - Банско, Белица, Благоевград, Гоце Делчев, Гърмен, Кресна, Петрич, Разлог, Сандански, Сатовча, Симитли, Струмяни, Хаджидимово, Якоруда;
• Област Кюстендил: 9 общини - Бобовдол, Бобошево, Дупница, Кочериново, Кюстендил, Невестино, Рила, Сапарева баня, Трекляно.

Избираемата гранична зона на Република Македония включва Североизточен, Източен и Югоизточен статистически региони (NUTS III) с обща площ 9 235 кв.км. (35,9 % от общата територия на страната) и население 579 314 души (28.6 % от общото население на страната). Тя се състои от 29 общини (NUTS IV) и  641 населени места:

• Североизточен регион: 6 общини - Кратово, Крива Паланка, Ранковче, Куманово, Липково и Старо Нагоричане;
• Югоизточен регион: 10 общини - Валандово, Гевгелия, Богданци, Дойран, Радовиш, Конче, Струмица, Босилово, Василево и Ново село;
• Източен регион: 11 общини - Берово, Пехчево, Виница, Кочани, Чешиново - Облешево, Зрновци, Пробищип, Щип, Карбинци, Делчево, Македонска Каменица.

Програмата за трансгранично сътрудничество е съгласуван и ефективен отговор на ограниченията и слабостите на региона и дефинира подходяща стратегия за общо бъдещо развитие на граничния район на базата на опита от последния програмен период и заключенията на регионалния анализ. Стратегията включва обща стратегическа цел на програмата, която да бъде постигната от мерките по избраните приоритетни оси на програмата.

Общата стратегическа цел на регионалното сътрудничество между секторите и административните единици, която трябва да бъде постигната чрез Програмата, е:

[1] Република България признава Република Македония с конституционното и име.